ישיבת 'נשמת התורה' חרתה על דגלה, את לימוד התורה, כבסיס לחינוך. אנו מאמינים, שבכוחה של התורה ללמד אותנו דרכים המגיעים לליבו ולנשמתו של כל תלמיד ותלמיד. לימוד תורה שיביא אותנו לקשר עם הקב"ה ולקיום דברי המדרש: ואהבת את ה' אלוקיך איני יודע כיצד אוהב את המקום תלמוד לומר והיו הדברים האלה אשר אנכי מצוך היום על לבבך. שמתוך כך אתה מכיר את מי שאמר והיה העולם. לימוד המבוסס על קשר 'רב ותלמיד', בבחינת 'ושננתם לבניך' אלו התלמידים. קשר של מחויבות, הבנה והכלה. לימוד תורה, ביושר, בלמדנות ובהבנה, עם שימת דגש, לעומק הפשט, 'להבין ולהשכיל'. לימוד תורה שמביא לידי מעשה, 'גדול תלמוד שמביא לידי מעשה'. לימוד שמביא לידי המעשה ההלכתי הטהור, ואף יצירת חיבור אמיתי בין הלימוד לבין מציאות החיים.
בישיבתנו, אנו שואפים לחינוך שיגע בפנימיותם ובנשמתם הייחודית של כל תלמיד ותלמיד, וכדברי הרש"ר הירש: "חנך לנער על פי דרכו" יש לכוון את החניך בהתאם לדרכו המיוחדת לו בעתיד, ההולמת את התכונות והנטיות הרדומות בעמקי נפשו, וכך לחנך אותו לקראת המטרה הטהורה, האנושית והיהודית כאחת. התפקיד היהודי הגדול אחד ויחיד בעיקרו, אך דרכי הגשמתו רבות ורבגוניות, כריבוי תכונות האדם, וכרבגווניות דרכי חייהם. [בראשית פרק כה פסוק כז]. חינוך המבוסס על ההנחה שכל תלמיד הוא עולם מלא, השואף להתפתח, לגלות, ללמוד ולהגיע למימוש עצמי, רוחני ואישי. חינוך שפונה אל הלב ואל השכל בבחינת 'וידעת היום' 'והשבות אל לבבך'. 'והשבות אל לבבך' הפנייה אל הלב, מתוך הבנה, שכל החיים בנויים על רגשות ועל חיי חברה, על חוויות ושיתופי פעולה.
בישיבת נשמת התורה לימודי החול, אינם בגדר מסגרת שבדיעבד, אנו דוגלים בדברי חז"ל שחייב אדם ללמד בנו אומנות. וכפסק השולחן ערוך [או"ח קנו , א] אח"כ ילך לעסקיו, דכל תורה שאין עמה מלאכה סופה בטלה וגוררת עון, כי העוני יעבירנו על דעת קונו. כמובן, שאנו מחנכים למצוא את האיזון בין חיי תורה לבין חיי המעשה. לגדל תלמידי חכמים, שראשם בשמים, אך רגליהם נטועות בקרקע המציאות. וכמו שממשיך שם השולחן ערוך: ומ"מ לא יעשה מלאכתו עיקר, אלא עראי, ותורתו קבע, וזה יתקיים בידו. אנו מאמינים שתלמיד צריך להצטיין בכל מעשיו, לכן, תלמידים המתאימים, ילמדו חמש יחידות מתמטיקה, וחמש יחידות אנגלית. כמו כן, במסגרת לימודי מחשבים אנו מתחילים תכנית ללימודי סייבר. כל המורים ללימודי חול, הם אנשי מקצוע מהשורה הראשונה, מורים שמוסרים לתלמידים, ומקדישים זמן ומשאבים להצלחתם.
בישיבת נשמת התורה, אנו מאמינים שחלק מרכזי בבניין הרוחני והחינוכי נובע מחיי חברה בריאים, חמים ותקינים. וכדברי הרמב"ם בפירוש המשנה באבות [א, ו]: ואוהב המעלה, הוא שתהיה תאוות שניהם וכוונתם למטרה אחת, והיא: הטוב, וירצה כל אחד להעזר בחברו בהגיע הטוב ההוא לשניהם יחד. וזה הוא החבר אשר ציוה לקנותו. במסגרת שיעורי 'כישורי חיים' התלמידים עוסקים בכלים לפיתוח חברתי: הקשבה, אחריות, אכפתיות, קנאה, ראייה חיוביות ועוד. הישיבה יוזמת שיח פתוח בין התלמידים לרבנים המחנכים בנושאים אלו. הישיבה מעודדת את התלמידים בהפסקות למשחקי ספורט וחברה היוצרים גיבוש וחיבור. כמו כן, הטיולים בישיבה, מאופיינים בפעילות חברתית של שיתופי פעולה, ושילוב ידים.
